清初，西北方居住的蒙古分為漠南蒙古、漠北喀爾喀蒙古和漠西厄魯特蒙古三大部。漠北喀爾喀蒙古內部又分為扎薩克圖、土謝圖、車臣等三部，漠西厄魯特蒙古內部又分為準噶爾、和碩特、杜爾伯特、土爾扈特四部。清軍入關之前，漠南蒙古就已歸附大清，喀爾喀蒙古和厄魯特蒙古各部，也與清政府關系密切。

康熙二十六年(1687年)底，沙俄參加中俄邊界談判的全權代表戈洛文，在伊爾庫茨克專門接見了噶爾丹的代表，陰謀策動噶爾丹叛亂，支持他進攻喀爾喀蒙古。在沙皇俄國的唆使下，噶爾丹終于率兵進攻喀爾喀蒙古。

康熙二十七年(1688年)，噶爾丹親率騎兵三萬自伊犁東進，越過杭愛山，進攻喀爾喀，占領整個喀爾喀地區(qū)?？柨θ渴最I倉皇率眾數(shù)十萬分路東奔，逃往漠南烏珠穆沁(今內蒙古烏珠穆沁旗)一帶，向清廷告急，請求保護?？滴跻幻姘阉麄儼仓迷诳茽柷?今內蒙古科爾沁旗)放牧，一面責令噶爾丹罷兵西歸。但噶爾丹氣焰囂張，置之不理，反而率兵乘勢南下，深入烏珠穆沁境內。對于噶爾丹的猖狂南犯，康熙一面下令就地征集兵馬，嚴行防堵，一面調兵遣將，準備北上迎擊，先后在烏蘭布通和昭莫多大破準噶爾。

康熙三十六年(1698年)二月，康熙鑒于噶爾丹拒不投降，再次下詔親征。噶爾丹在眾叛親離的情況下，服毒自殺而死。至此康熙時期平定噶爾丹叛亂之戰(zhàn)始告結束，喀爾喀地區(qū)重新統(tǒng)一于清朝。

噶爾丹死后，策妄阿拉布坦便成為準噶爾部的統(tǒng)治者。隨著他的統(tǒng)治地位的鞏固和地盤的不斷擴大，又滋長了分裂割據(jù)的野心，沙皇俄國也積極支持其叛亂。策妄阿拉布坦在沙俄支持下，不斷襲擊清軍據(jù)守的科布多、巴里坤(今新疆巴里坤)、哈密等軍事重鎮(zhèn)，并派兵侵入西藏，進行分裂叛亂活動。由于康熙及時派兵進藏協(xié)同藏軍進行圍剿，才將策妄阿拉布坦叛亂勢力趕出西藏。

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