南懷仁1623年10月9日生于布魯塞爾附近的小鎮(zhèn)彼滕(Pittem)，12歲起他進入耶穌會辦的學校讀書，17歲時開始了他在魯汶大學藝術學院學習。

魯汶大學是世界上最古老的天主教教會大學之一。在魯汶大學期間，南懷仁系統(tǒng)地接觸亞里士多德的學說，尤其是邏輯學和哲學體系，并通過宇宙論的學習，掌握了天文學、數(shù)學、歷法計算、地理等多方面的知識。

南懷仁在1641年9月2日入耶穌會。1658年隨同 Martino Martini神父前往中國，1659年抵達澳門。南懷仁本來在山西傳教，1660年受召前往北京協(xié)助湯若望神父。

湯若望神父蒙主寵召后，康熙八年三月初一日(1669年4月1日)，南懷仁接替湯若望被授以欽天監(jiān)監(jiān)副。南懷仁也曾鑄造紅夷炮助清帝國?？滴醢四?1669年)，南懷仁撰寫《歷法不得已辨》，逐條駁斥楊光先、吳明炫在歷法推算方面的錯誤。針對中國傳統(tǒng)的觀象占候、堪輿占卜等觀念，這一年他還撰著了《妄推吉兇之辨》、《妄占辨》和《妄擇辨》。

南懷仁可能是汽車的發(fā)明人。

南懷仁在1688年逝世于北京，清圣祖追贈工部右侍郎，謚為勤敏，與利瑪竇、湯若望埋在同一個墓園，現(xiàn)在位于阜成門外的滕公柵欄馬尾溝教堂。

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