南明政權(quán)滅亡的那年，清順治帝已經(jīng)病死，他的兒子玄燁(yè)即位，這就是清圣祖，也叫“康熙帝”。 康熙帝親自執(zhí)政后，大力整頓朝政，獎(jiǎng)勵(lì)生產(chǎn)，懲辦貪污，使新建立的清王朝漸漸強(qiáng)盛起來。當(dāng)時(shí)，南明政權(quán)雖然已經(jīng)滅亡。但是南方有3個(gè)藩王卻叫康熙帝十分擔(dān)心。 這3個(gè)藩王本來是投降清朝的明軍將領(lǐng)，一個(gè)是引清兵進(jìn)關(guān)的吳三桂，一個(gè)叫尚可喜， 一個(gè)叫耿仲明。因?yàn)樗麄儙椭宄麥缒厦?，?zhèn)壓農(nóng)民軍，清王朝認(rèn)為他們有功，封吳三桂為平兩王，駐防云南、貴州;尚可喜為平南王，駐防廣東;耿仲明之孫耿精忠為靖南王，駐防福建，合起來叫做“三藩”。

三藩之中，又?jǐn)?shù)吳三桂最強(qiáng)。吳三桂當(dāng)上藩王之后，十分驕橫，不但掌握地方兵權(quán)，還控制財(cái)政，自派官吏，不把清朝廷放在眼里。 康熙帝知道要統(tǒng)一政令，三藩是很大的障礙，一定得找機(jī)會(huì)削弱他們的勢(shì)力。正好尚可喜年老，想告老還鄉(xiāng)，康熙帝下詔撤藩。詔令一下，吳三桂暴跳如雷，于公元1673年，在云南起兵叛亂。 吳三桂在西南一帶勢(shì)力十分強(qiáng)大，一開始，叛軍打得很順利，一直打到湖南。他又派人跟廣東的尚之信(尚可喜之子)和福建的耿精忠(耿仲明之孫)聯(lián)系，約他們一起叛變。

這兩個(gè)藩王有吳三桂撐腰，也反了。歷史上把這件事稱做“三藩之亂”。 三藩一亂，整個(gè)南方都被叛軍占領(lǐng)。

康熙帝并沒有被他們嚇倒，一面調(diào)兵遣將，集中兵力討伐吳三桂，一面停止撤銷尚之信、耿精忠的藩王稱號(hào)，把他們穩(wěn)住。尚之信、耿精忠一看形勢(shì)對(duì)吳三桂不利，又投降了。

吳三桂開始打了一些勝仗，后來清兵越來越多，越打越強(qiáng)，吳三桂的力量漸漸削弱，處境十分孤立。經(jīng)過8年戰(zhàn)爭，他自己知道支撐不下去，連悔帶恨，生了一場大病斷了氣。 1681年，清軍分3路攻進(jìn)云南昆明，吳三桂的孫子吳世璠自殺，清軍最后平定了叛亂勢(shì)力，統(tǒng)一了南方。

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