吳三桂投降清朝后，放清軍進入了山海關，多爾袞以順治帝的名義封吳三桂為平西王，并撥給他一萬精兵，讓他充當急先鋒，去追擊李自成，在知道自己的家人慘死在李自成手下時，吳三桂怒火中燒，在受命后星夜兼程，勢要取得李自成的項上人頭。

拿下北京的李自成已經沒有了闖王的豪情，他的軍隊也完全喪失了銳氣，只知道燒殺搶掠，奸淫作惡，而李自成則忙著稱帝，他匆忙在武英殿舉行了登基禮，燒了紫禁城，殺了吳三桂一家三十多口。面對吳三桂強烈攻勢，李自成從北京到西安一路撤退，為了穩(wěn)定局面，安撫人心，在退兵途中他還采取了一系列政治經濟改革，希望能打好政權基礎，卷土重來，但是此時的大順政權早已不得人心，李自成的這些舉動也就沒什么意義了。

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不久，大清的軍隊終于打進了北京城，多爾袞終于實現(xiàn)了努爾哈赤以來大清多年的夢想，欣喜若狂的多爾袞急切地進入武英殿，臨朝視事。與李自成不同，多爾袞明白“得天下易，治天下難”的道理，他首先為崇禎舉行了重大喪禮，一次來迎合前明官員和百姓的心情，也表示了大清王朝的合法性和正統(tǒng)性。接下來又張貼告示，宣布對前明官員概不問責，只要投降大清，就可官復原職，甚至加官進爵。對于百姓，則要求八旗官兵嚴肅軍紀，不能騷擾。更為可貴的是，多爾袞還頒發(fā)詔令暫時停止了漢人要剃發(fā)留辮的要求，以避免引起官民的反抗。這些措施極大的贏得了民心，為清朝統(tǒng)治奠定了基礎。

隨后吳三桂帶領的清軍尾隨李自成一路南下，很快就控制了山西、河南的大部分地區(qū)。過了一年后，鎮(zhèn)守關中的門戶潼關的大順將領馬世耀竟然不戰(zhàn)而降，被多爾袞下令殺掉了。李自成得知這個噩耗，心中慌張，戰(zhàn)意全無，在這個危急存亡的關頭，李自成下令全軍收拾金銀細軟，撤離西安，甚至想再燒掉城池，幸虧他的部將田見秀陽奉陰違，西安的百姓才逃過這次劫難。

此時的大順政權搖搖欲墜，人心渙散，李自成退出西安后，一路向南，經陜南進入湖北，戰(zhàn)略性錯誤使他再次陷入了被動，重新成為明清兩方共同的敵人。當他在湖北盤桓時，清軍已經尾隨而至，李自成不得不落荒而逃，最終，在江西九江附近，清軍包圍了李自成的主力部隊，經過一場慘烈的打斗，大順軍幾乎全軍覆滅，劉宗敏、宋獻策等許多重要將領或戰(zhàn)死或被俘，李自成僅率領一萬余人西撤到湖北南部山區(qū)繼續(xù)戰(zhàn)斗。

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后來，李自成率軍到達九宮山一代，此后便失去了蹤跡。數萬大順軍也像蒸發(fā)了一樣，一下子找不到了，關于李自成的結局，后人提出了許多看法：

1、自縊。據說李自成由于屢戰(zhàn)屢敗，最終又被武裝的鄉(xiāng)民包圍，于是選擇自縊身亡。這一說法是清軍負責追擊李自成的的統(tǒng)帥英親王阿濟格給清廷的報告，這個報告的爭議也很大，。由于阿濟格并非李自成死亡的親眼目睹者，又是在官方奏報中提及此事，可信度未必很高。

2、戰(zhàn)死。根據當地地方志和族譜的記載，確實有當地居民斬殺流寇的記錄，例如，《通山縣志》記載：“九伯聚眾殺賊首于小源口”;《程式宗譜》記載：“剿闖賊李延于牛跡嶺下”。但是這些也不能作為李自成死亡的證據。

3、誤殺。根據清人筆記記載，李自成是在拜謁九宮山上的元帝廟時，被當地鄉(xiāng)民誤以為是土匪流寇，從背后襲擊而死的。這一說法太過傳奇了，也不太可信。

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由于沒有辦法“死要見尸，活要見人”，李自成的生死便成了一樁千古疑案。

但是，李自成能從一介布衣，成為指揮數萬兵馬，縱橫天下，還能進京稱帝的人物，已經足夠被稱為英雄豪杰。無論對于明與清，他都是一個可怕的對手，李自成死了，剛剛入主北京的清王朝去除了一個心腹大患，接下來，就是要考慮怎么才能避免下一個“李自成”不再出現(xiàn)的問題。

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