1）、玄奘寺1943年的時候建的，1942年初冬，日本侵略者在雨花臺大報恩寺三藏塔遺址挖到一石函，函內(nèi)供奉有玄奘大師的頂骨舍利，并記載了唐代高僧玄奘頂骨舍利來南京安葬的經(jīng)過。日軍妄想占為己有，在南京人民的抗議下，日軍將玄奘大師部分頂骨舍利歸還給南京人民。1943年初，汪偽政府在九華山上建了一座磚塔，供奉玄奘大師的頂骨舍利，得名三藏塔。

2）、玄奘寺2001年的時候重建的，2001年南京市玄武區(qū)政府及區(qū)建設(shè)局在小九華山重修寺廟，即為玄奘寺，由棲霞古寺監(jiān)院傳真法師住持管理。2003年玄奘寺建成開放。玄奘寺依山而建，寺院雖說規(guī)模不大，卻很雅致，加上是在九華山公園里，頗有蘇州園林移步換景的特點。玄奘寺位于南京九華山，北臨玄武湖，東接太平門，西鄰臺城，與臺城旁雞鳴寺遙對。

3）、玄奘寺供奉日本戰(zhàn)犯牌位的原因極有可能是日本人的陰謀。根據(jù)上面的記載4位長生牌位供奉的時間是2018年至2022年，供奉長生牌位一般都是一年交一次錢，這4個牌位一次性交了4年的錢，玄奘寺供奉4位日甲級戰(zhàn)犯牌位時間長達4年之久甚至更長。22日凌晨，南京玄武區(qū)民族宗教事務(wù)局回應(yīng)表示，今年2月份，寺方發(fā)現(xiàn)相關(guān)情況后，已予以糾正?，F(xiàn)決定對該寺開展整頓，將對傷害民族感情的行為一查到底，有關(guān)調(diào)查處理情況將及時公布。