三國時期，通常以魏朝為正統(tǒng)，晉朝是繼承魏朝的，分西晉和東晉，所以又叫兩晉。滅亡后，北方進入十六國時期，皇室成員在南方重建晉朝，這就是偏安的東晉。東晉在420年被篡后，先后出現(xiàn)宋齊梁陳四個朝代，統(tǒng)稱南朝；北方被鮮卑拓拔氏建立的魏國所統(tǒng)一，北魏后來分裂為西魏和東魏，且分別被北周和北齊取代，它們統(tǒng)稱北朝。

魏晉南北朝，又稱三國兩晉南北朝，是中國歷史上政權(quán)更迭最頻繁的時期，主要分為三國（曹魏、蜀漢、東吳）、西晉、東晉和南北朝時期，由于長期的封建割據(jù)和連綿不斷的戰(zhàn)爭，使這一時期中國文化的發(fā)展受到特別的影響。其突出表現(xiàn)則是玄學的興起、佛教的輸入、道教的勃興及波斯、希臘文化的羼入。

三國至隋的三百六十余年間，以及在三十余個大小王朝交替興滅過程中，上述諸多新的文化因素互相影響，交相滲透的結(jié)果，使這一時期儒學的發(fā)展及孔子的形象和歷史地位等問題也趨于復雜化。

曹操崛起于北方，其所遵循的思想和采取的政治措施皆為名法之治而重道德名節(jié)，從而影響了整個時代。在思想理論上，體現(xiàn)道法結(jié)合的刑名之學曾一度占據(jù)主導地位

魏晉之際，道法的結(jié)合逐漸趨于破裂，以道家思想為骨架的玄學思潮開始揚棄魏晉早期的名法思想，轉(zhuǎn)而批評儒法之士。這樣，魏初在道法結(jié)合的基礎上形成和發(fā)展起來的玄學進一步得到強化。西晉后期，玄學思潮同極端發(fā)展，至此，玄學所主張的放達，無論從理論上，還是從行為上，都對封建政權(quán)構(gòu)成破壞瓦解的作用，故引起玄學內(nèi)部及儒家學者的不滿，從而掀起對道家和玄學的批判思潮。

東晉時期，佛教的流行，特別是般若學的發(fā)展，在很大程度上是借助于道家、玄學的思想、語言及方法，故出現(xiàn)玄佛合流的趨向。因此，這一時期的儒家學者，除繼續(xù)批判道家、玄學外，又以儒家的入世主義和人文傳統(tǒng)批評佛教。他們站在維護儒家名教的立場上，分別從經(jīng)濟、政治、思想、文化、倫理等方面清算佛教的影響，力圖恢復儒學的正統(tǒng)地位，但都缺乏足夠的理論系統(tǒng)和創(chuàng)造性。