軍機(jī)處的主要職能是協(xié)助皇帝處理各種軍政事務(wù)，軍機(jī)大臣每日接受皇上召見，跪受筆錄幫助皇帝提高行政效率，快速處理各種文書。軍機(jī)處是皇帝加強(qiáng)君主專制的重要工具，代表著君主專制制度發(fā)展到頂峰。

軍機(jī)處初設(shè)時，所掌僅限軍務(wù)。《清史稿·軍機(jī)大臣年表序》說：“初只承廟謨商戎略而已。”但以后事權(quán)逐步擴(kuò)大，軍國大計，罔不總攬。自雍、乾后百八十年，威命所寄，不於內(nèi)閣而於軍機(jī)處。其具體職掌有如下幾方面：

一、負(fù)責(zé)皇帝下達(dá)諭旨的撰擬和參預(yù)官員上報之奏折文書的處理。官員上報的文書，凡折奏“請旨”者歸軍機(jī)處，慣例的題本歸內(nèi)閣，直到清末未變。雍正帝每天召見軍機(jī)大臣，有時一天召見數(shù)次，像在西北用兵緊張之時，張廷玉“內(nèi)直自朝至暮”，“間有待至一二鼓”。

二、料理皇帝交議的大政，凡遇重要政事，皇帝不能裁決的，或交軍機(jī)處議奏，或密議，或交軍機(jī)處會同關(guān)系衙門議奏。如大學(xué)士史貽直未入軍機(jī)處，然在統(tǒng)一新疆戰(zhàn)役中，乾隆每每與其商量，史載“公（史貽直）在政府，時鎮(zhèn)定承召對，移晷乃出，而公慎重周詳，雖子弟不得與聞?！碧亟坏?，由軍機(jī)處查議其可否，密擬辦法上奏；會同議奏的，或由軍機(jī)處主稿，或由所會衙門主稿，暫時酌定。

三、某些重大案件，皇帝特交軍機(jī)大臣審理擬定，或由軍機(jī)大臣會同三法司審擬。軍機(jī)大臣可在軍機(jī)處提訊，也可使用刑訊。應(yīng)刑訊時，選用內(nèi)務(wù)府公所或于步軍統(tǒng)帥衙門進(jìn)行。凡秋審案件，軍機(jī)大臣也參預(yù)。

四、重要文武官員之任免及各部尚書、侍郎、各省總督、巡撫、以至道、府、學(xué)政、關(guān)差、鹽政以及駐防將軍、都統(tǒng)、駐各邊疆地區(qū)之領(lǐng)隊大臣、辦事大臣等官員的補(bǔ)放，均由軍機(jī)大臣負(fù)責(zé)開列應(yīng)補(bǔ)人員名單，交皇帝篩選任用。遇科考，也由軍機(jī)大臣開列主考、總裁名單，奏請皇帝選用。復(fù)試或殿試，軍機(jī)大臣負(fù)責(zé)核對試卷、檢查筆跡或任命閱卷官。

五、考驗行軍之山川、道里與兵馬錢糧：凡有行軍，軍機(jī)處根據(jù)有關(guān)圖書，考驗山川險要，道里遠(yuǎn)近，如系邊遠(yuǎn)地區(qū)，圖書中沒有記載的，要考驗新舊檔案并加諮訪。應(yīng)用的兵馬、錢糧，則由戶部、兵部、理藩院等衙門取簡明確數(shù)備查。遇有皇帝查訊的問題，即時呈遞。

六、軍機(jī)大臣可奉皇帝旨意，以“欽差”身分，往各地檢查或處理一些政事。如嘉慶十八年（1813年），欽差大臣、直隸總督那彥成鎮(zhèn)壓河南天理教起義有功，嘉慶帝大加贊賞，加太子少保銜，賞三等子爵。