弘光帝死后，魯王朱以海于浙江紹興監(jiān)國(guó)；而唐王朱聿鍵在鄭芝龍等人的擁立下，于福建福州稱(chēng)帝，即隆武帝。然而這兩個(gè)南明主要?jiǎng)萘ゲ怀姓J(rèn)彼此地位而互相攻打。1651年在舟山群島淪陷后，魯王朱以海在張名振、張煌言陪同下，赴廈門(mén)依靠鄭成功，不久病死在金門(mén)。隆武帝屢議出師北伐，然而得不到鄭芝龍的支持而終無(wú)所成。

1646年，清軍分別占領(lǐng)浙江與福建，魯王朱以海逃亡海上，隆武帝于汀州逃往江西時(shí)被俘而死。鄭芝龍向清軍投降，由于其子鄭成功起兵反清而被清廷囚禁。朱聿鍵死后，其弟朱聿??在廣州受蘇觀生及廣東布政司顧元鏡擁立稱(chēng)帝，即紹武帝，于同年年底被清將李成棟攻滅。同時(shí)間桂王朱由榔于廣東肇慶稱(chēng)帝，即永歷帝。

1646年永歷帝獲得瞿式耜、張獻(xiàn)忠余部李定國(guó)、孫可望等勢(shì)力以及福建鄭成功勢(shì)力的支援之下展開(kāi)反攻。同時(shí)各地降清的原明軍將領(lǐng)先后反正，例如1648年江西金聲桓、廣東李成棟、廣西耿獻(xiàn)忠與楊有光率部反正，一時(shí)之間南明收服華南各省。然而于同年，清將尚可喜率軍再度入侵，先后占領(lǐng)湖南、廣東等地。

兩年后，李定國(guó)、孫可望與鄭成功發(fā)動(dòng)第二次反攻，其中鄭成功一度包圍南京。然而，最后因?yàn)榫嚯x互相難以照應(yīng)，內(nèi)部又發(fā)生孫可望等人的叛變而節(jié)節(jié)敗退。1661年，清軍三路攻入云南，永歷帝流亡緬甸首都曼德勒，被緬甸王莽達(dá)收留。后吳三桂攻入緬甸，莽達(dá)之弟莽白乘機(jī)發(fā)動(dòng)政變，殺死其兄后繼8月12日，莽白發(fā)動(dòng)咒水之難，殺盡永歷帝侍從近衛(wèi)，永歷帝最后被吳三桂以弓弦絞死，南明亡。

此時(shí)反清勢(shì)力只剩夔東十三家軍與在金廈的鄭成功（史稱(chēng)明鄭）。李自成余部在湖南抗清失敗后，轉(zhuǎn)移到川、鄂山區(qū)進(jìn)行活動(dòng)，在夔州府以東地區(qū)繼續(xù)抗清，稱(chēng)為夔東十三家軍。1662年清軍開(kāi)始攻打之，到1664年首領(lǐng)李來(lái)亨被殺而亡。鄭成功在南京之戰(zhàn)失敗后退回金廈，于1661年率軍遠(yuǎn)征荷蘭人占據(jù)的臺(tái)灣島成功，明鄭領(lǐng)有臺(tái)灣，定都東寧（今臺(tái)灣臺(tái)南）。其子鄭經(jīng)曾參與三藩之亂，率軍參與反攻失利。1683年，清朝康熙帝命施瑯為水師提督進(jìn)攻臺(tái)灣。明鄭主鄭克?u率眾投降，明鄭亡。