制藥工程專業(yè)課程有生物化學(xué)、有機(jī)化學(xué)、物理化學(xué)、化工原理、藥物合成化學(xué)、制藥工藝學(xué)、藥物化學(xué)、藥理學(xué)、藥劑學(xué)。結(jié)合我國(guó)5000家左右的醫(yī)藥企業(yè)，制藥工程就業(yè)前景非常廣闊。學(xué)生畢業(yè)后可到制藥工程(或醫(yī)藥生物技術(shù))領(lǐng)域相關(guān)的生產(chǎn)企業(yè)、營(yíng)銷企業(yè)、科研院所、藥品監(jiān)督管理部門等工作。

主要課程：分子生物學(xué)、微生物學(xué)、細(xì)胞生物學(xué)、遺傳學(xué)、分子生物學(xué)、動(dòng)物學(xué)，生理學(xué)，組織學(xué)，植物分類學(xué)，植物生理學(xué)等等。其他的像基因工程，發(fā)酵工程，生物技術(shù)制藥，生態(tài)學(xué)各個(gè)學(xué)校有所差異。
至于非生物類的課程的話，英語(yǔ)那是必須的。還有政治經(jīng)濟(jì)學(xué)，哲學(xué)，毛澤東思想概論，鄧小平理論與三個(gè)代表，基礎(chǔ)物理，高等數(shù)學(xué)，有機(jī)化學(xué)，無機(jī)及分析化學(xué)。
還有大量的實(shí)驗(yàn)，幾乎每門專業(yè)課程都有實(shí)驗(yàn)的。物理化學(xué)課也是有實(shí)驗(yàn)的。

醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)已成為世界經(jīng)濟(jì)強(qiáng)國(guó)競(jìng)爭(zhēng)的焦點(diǎn)，世界上許多國(guó)家都把建立醫(yī)藥品工業(yè)視為國(guó)家強(qiáng)盛的一個(gè)象征。新藥的不斷發(fā)現(xiàn)和治療方法(如基因研究)的巨大進(jìn)步，促使醫(yī)藥工業(yè)發(fā)生了非常大的變化。

因此，無論是藥品，還是過程技術(shù)都需要新型制藥工程師，這類人才掌握最新技術(shù)和交叉學(xué)科知識(shí)、具備制藥過程和產(chǎn)品雙向定位的知識(shí)及能力，同時(shí)了解密集的工業(yè)信息并熟悉全球和本國(guó)政策法規(guī)。

正如前面已經(jīng)提到的，2003年中國(guó)制藥企業(yè)共5082家，生產(chǎn)藥品的工業(yè)企業(yè)約3000家，生化制藥企業(yè)300余家，其中現(xiàn)代生物制藥企業(yè)47家;生產(chǎn)中藥(包括天然藥物)產(chǎn)品的企業(yè)約1600家，其中專門生產(chǎn)中藥(包括天然藥物)產(chǎn)品的155家。另外，還有藥品批發(fā)企業(yè)16.7萬(wàn)多家，藥品零售企業(yè)12萬(wàn)家，醫(yī)療機(jī)構(gòu)6萬(wàn)家。這些企業(yè)都對(duì)制藥工程專業(yè)人才有較大的需求量。